Astaxanthin ialah pigmen merah yang wujud dalam banyak organisma semula jadi.Astaxanthin semulajaditerutamanya terdapat dalam organisma marin yang berbeza daripada klorofil dan -karotena dalam tumbuhan darat. Ia adalah satu bentuk mikroalga yang dimakan oleh pelbagai jenis organisma akuatik. Pigmentasi merah kuat Astaxanthin menyebabkan haiwan ini mempunyai daging atau cengkerang merah atau merah jambu.
Salmon merah yang ditemui di Lautan Pasifik liar adalah salah satu kepekatan tertinggiastaxanthin semulajadi, kecuali H. Pluvialis. Pigmen ini memberikan daging ikan warna merah tua yang ikonik dan sifat antioksidan yang sangat sihat. Sumber semula jadi astaxanthin yang lain termasuk udang galah, udang Artik, ketam, udang karang, trout merah, alga dan krill. Burung merah biasanya mendapat warnanya dengan memakan ikan dan tumbuhan yang kayaastaxanthin, tetapi kepekatan pigmennya biasanya rendah.
Walaupun hidupan marin adalah sumber yang paling biasaastaxanthin semulajadi, ia tidak terhad kepada tumbuhan dan haiwan berasaskan air. Sebagai contoh, yis yang dipanggil Xanthophyllomyces dendrorhous (yis Phaffia) juga mengandungi tahap astaxanthin yang agak tinggi. Ia adalah pengeluar astaxanthin. Ia tidak akan menyerapnya daripada sumber organik lain.